Conta-se que a cidade nasceu no fim do regime monárquico, no qual alguns desbravadores de Amparo e Bragança Paulista se estabeleceram no vale de Camanducaia formado por matas naturais. As águas cristalinas da região juntamente com a sua beleza natural e paisagens montanhosas propiciavam serenidade e boa moradia.
Entre os colonos que vieram, havia o senhor Theodoro de Assis, que encontrou uma imagem do Senhor Bom Jesus. Devoto ao santo, ergueu no terreno de sua casa uma pequena capela de pau a pique, mas, o senhor Antonio Pereira Marques, proprietário das terras, não aceitou a atitude de Theodoro em construir a capelinha sem autorização, e mandou que fosse demolida.
O velho Theodoro foi procurar o sitiante Lourenço de Godoi, dono das terras onde se localiza a cidade, e lhe contou o ocorrido. O sitiante ofertou a Theodoro um terreno em que poderia construir a capelinha. Estes fatos ocorreram durante o ano de 1.873 e a imagem foi encontrada pelo colono no dia 06 de agosto de 1.873, daí a razão da festa de agosto, quando se comemora também a data de fundação da cidade.
Ao redor da capelinha foram sendo construídas várias residências, formando-se então o Bairro da Capelinha. Em meados de 1.880, a capelinha foi demolida e em seu lugar foi construída outra maior e uma imagem ainda maior foi colocada em seu lugar, essa doada pelo Senhor Antonio Pereira Marques, em sinal de arrependimento pelo que fizera ao seu colono Theodoro, anos antes.
Um ano mais tarde, o Capitão José Inácio, que era poderoso na região, construiu a casa paroquial e um prédio para a escola, doando-os ao Senhor Bom Jesus. No dia 05 de março de 1.887, por força da Lei, o Bairro da Capelinha foi elevado a Distrito de Paz, sob a denominação de Freguesia do Bom Jesus de Monte Alegre e no dia 16 de novembro de 1887, foi criado um distrito e uma subdelegacia de polícia, onde foram demarcadas as divisas da nova Freguesia.
Em 1890 foi inaugurado o último trecho da estrada de ferro da Companhia Mogiana, e os trilhos desbravadores chegaram à Freguesia de Bom Jesus de Monte Alegre, sendo que até então o movimento de passageiros era feito por meio de troles, e com a estrada de ferro nasce uma nova era e abrange novos horizontes à Freguesia. Anos mais tarde, foi criada a agência dos correios, ampliando assim os meios de comunicação.
Durante os anos de 1890 a 1905, foram criadas as Escolas Estaduais, que finalmente foram as Escolas Reunidas de Monte Alegre, sob a direção do professor Raul de Paiva Castro. Em 21 de abril de 1909, foi inaugurada a estrada de ferro ligando Monte Alegre a Socorro, aumentando assim as relações entre o Distrito e a cidade vizinha de Socorro. Em 1915 e 1916, consecutivamente, a Empresa Elétrica de Amparo e Companhia Telefônica Brasileira estendem ao Distrito os valiosos serviços, a nova era de Monte Alegre.
No ano de 1932, a então Igreja do Senhor Bom Jesus foi elevada à categoria de Santuário pelo Bispado de Campinas, por situar-se aninhada entre as montanhas e particularmente pelo aspecto religioso pelo morro do Cruzeiro, sendo nesse mesmo ano nomeado para primeiro pároco do Santuário o Cônego José Cobucci, que terminou seus dias na já Monte Alegre do Sul, cidade-presépio.
Em 14 de dezembro de 1942, foi fundada a Estação Experimental de Monte Alegre, vinculada à Secretaria de Estado da Agricultura, fato esse que veio trazer grandes melhoramentos à região, bem como o levantamento socioeconômico do homem rural. Em 30 de novembro de 1944, foi editado o Decreto lei Nº 14.334, que trocava o nome Monte Alegre para Ibiti, fato esse que causou transtorno geral entre os moradores e políticos da época.
Dia 24 de dezembro de 1948, por força da Lei a então Ibiti foi elevada à categoria de Município com o nome de Monte Alegre do Sul, Comarca de Amparo e no dia 12 de dezembro de 1964, Monte Alegre do Sul passava a ser Estância Hidromineral de Monte Alegre do Sul. Em 17 de novembro de 1978, após longos anos e nomeações, a Estância Monte Alegre do Sul foi transformada em Estância Turística e, com o passar dos anos, em 08 de maio de 1986, mais uma vez Monte Alegre do Sul volta a ser considerada Estância Hidromineral, fato esse o mais justo, devido à pureza das águas e do clima.